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超高压电子显微镜中心：具有300万伏电子显微镜实验装置，为材料分析、生物学、医学等研究提供了条件，该中心已向国内外研究者开放。 激光核聚变研究中心：拥有日本国内最先进的成套加速器设备，进行大型激光系统导致核聚变实验，该技术处于世界尖端水平。 细胞工程中心：进行有关细胞免疫、细胞遗传、细胞工程等方面的分析研究，有9个专供国内外客座人员研究的研究室。 极限物质研究中心：用科学手段实现物质的极限状态，以此来进行物质的基础及应用的综合研究。 超导电子学研究中心：从高温超导特征的探析及开发，在电子学及能量系统方面进行超导应用研究。 情报教育处理中心：为全校公共教育开展情报处理服务，配备众多终端供学生利用。 此外还有低温中心，放射性同位素综合利用中心，有机光学工程研究中心等，大型计算机中心和核物理研究中心已定为全国共同利用机构，蛋白质研究所和焊接研究所为全国共同利用研究所。 
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