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从机构的设置和科学研究的组织上也可以充分看出京都大学的特色。有不少研究所和中心是全国独一无二的，先进的仪器设备和优良的研究环境为科学研究准备了得天独厚的条件，研究人员如鱼得水，因而无论在研究课题和研究成果上在日本均很有影响。这不仅可以从前述一些具有独家性和独特性的研究所建制中反映出来，而且一些研究设施也很引人注目。如农学部的农业会计研究设施在农业会计学和农家经济分析学方面为日本唯一的研究与教育普及部门；植物生殖设施在植物的起源、分化、传播、远缘杂交、遗传资源的收集保存等方面显示出该资源的优势，被国际遗传资源理事会认定为“基本银行”而成了国际活动中心。 
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