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法学部 来自法文学部，最早仅有刑法、刑事诉论法两部门，以后逐渐增设了政治学史、经济法、国际政治学、英美法、比较宪法、裁判法、刑事政策、法社会学等 27 个讲座。 经济学部 亦来自法文学部，现设有经济学系（经济理论、经济史、经济分析），经营学系（企业管理、企业计算），经济工程学系（经济教学、计量经济、产业规划、管理工程）。它的特色是：具有悠久的传统，教学和研究并重，善于从广、深的视野来研究带根本性的问题，但又不忽视对一些现实经济问题的关心，有着健全的实习制度，以教员为中心，学生为主体的研究小组围绕教员的专业领域对多种问题进行深入研究，教学相长，教员与学生关系融洽。 理学部 于 1939 年建立，是九州大学偏重于理论研究和进行本科生教学的学部。设有物理、化学、地球行星科学、数学、生物 5 系 51 个讲座。该学部设有下列附属研究部门。 医学部 发源地是以医学博士大森治丰为院长的福冈县立医院，后几经变迁，成为九州大学的重要学部，从中先后分化出药学部、牙科学部，并成立了胸部疾病研究等部门，医疗技术短期大学部，放射线诊疗技工学校，卫生检查技工学校，护理学校，以及生物体医学防治研究所、遗传情报实验室等研究机构。 农学部 建校时仅有农学 1 学科，以后陆续啬了农艺化学、林学、水产学、农业工程、畜牧学、农业经济、林产学、粮食化学工程等学科。附设有农场（内有若干亩旱、水田耕地、果树园、桑园、牧场等）， 5 处实习林场、水产实验所（内有标本室、实验室、图书室和 2 艘调查船），生物防治研究设施，生物学实验所，遗传资源研究中心（包括动物、植物、微生物等重点遗传资源）。 工学部 为九州大学规模最大的学部，设有土木、电子、机械、采矿、应用化学、造船、航空、通讯、原子核等工程学科共 124 个讲座，附设有研究教学中心，承担全国许多重点研究课题。 
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